«Hai mai fatto un sogno tanto realistico da sembrarti vero?
E se da un sogno così non ti dovessi più svegliare?
Come potresti distinguere il mondo dei sogni da quello della realtà?»
Wake up Neo
The Matrix has you...
Follow the white rabbit...
Knock, knock, Neo.
In un indeterminato futuro la razza umana è controllata e sfruttata dalle macchine, che fanno credere loro di vivere liberamente nel mondo del XX secolo mentre in realtà la
tengono imprigionata, coltivando uomini e donne per trarne l'energia necessaria alla loro sopravvivenza meccanica. Poche migliaia di umani sono liberi dal controllo delle macchine; essi chiamano "Matrix" il sistema di controllo cerebrale che imprigiona i loro simili: un sistema di impulsi elettrici inviati al cervello umano che lo convincono di vivere in un mondo che, ormai, non esiste più da centinaia di anni. All'interno di Matrix la gente vive senza accorgersi minimamente della sua vera condizione; soltanto pochissime persone si rendono conto che "qualcosa non va", percependo una stranezza che non riescono a descrivere. Una di queste persone è Thomas Anderson, conosciuto nell'underground come "Neo", un hacker. Convinti che Neo sia "l'eletto" (in grado di restituire la libertà alla razza umana), un gruppo di umani della Resistenza, fra cui spicca la figura di Morpheus, capo della nave "Nabucodonosor", lo contatta per trarlo fuori da Matrix: Neo viene quindi trovato all'interno della cella dove vive attaccato alle macchine e portato nella realtà vera, quella in cui l'uomo è uno schiavo e fugge dalle macchine intenzionate a ucciderlo e sottometterlo. Neo dimostrerà doti eccezionali, ma non è facile per lui capire di essere l'eletto. Attraverso una morte virtuale per mano dell'Agente Smith, uno dei programmi che vivono in Matrix, e la sua "resurrezione" per merito dell'amore sbocciato con Trinity, anche lei nell'equipaggio della Nabucodonosor, Neo prende finalmente coscienza di essere stato scelto per liberare l'umanità dal giogo delle macchine.
Fra i temi classici troviamo quello della scelta, che è in grado di cambiare sé stessi e gli altri; il controverso rapporto con il destino ed il desiderio di conoscerlo; il rapporto fra l'uomo e la tecnologia. Sono presenti significati religiosi e filosofici, alcuni spiegati dagli stessi registi.
Il termine Matrix deriva dal latino matrix, matricis e può essere tradotto in italiano con madre o nutrice, matrice, stipite e, in senso lato, anche con "canale".
Thomas Anderson / Neo: Thomas come Tommaso, l'apostolo del vangelo ("Il Regno dei Cieli è dentro l'uomo, e lui non lo sa") che come Neo non crede finché non vede. Il cognome, Anderson invece vuol dire Figlio dell'Uomo (son=figlio in inglese; andròs=uomo in greco). Figlio dell'Uomo è uno dei nomi con cui viene chiamato il Gesù Cristo. Neo, invece, può essere spiegato come segue: Neo è l'anagramma di One (in inglese si traduce con uno, l'eletto, The One nella versione originale), ovviamente, "neo" vuol dire anche "nuovo". Neo rappresenta l'archetipo del Cristo, dell'uomo cosmico risvegliato che ha raggiunto la massima maestria, il Cristo l'unto da Dio, il figliol prodigo che si risveglia e torna dal Padre che tanto lo ama, che torna al suo Essere.
Morpheus o Morfeo è il nome che identificava nelle Metamorfosi di Ovidio il Dio del Sonno e dei Sogni. I sogni sono uno dei fili conduttori del film (il personaggio, in effetti, fa da tramite tra il mondo "reale" e Matrix, il mondo dei sogni). Esso rappresenta una delle 24 parti del Padre Nostro, ovvero quella parte del nostro Essere, del nostro stesso Intimo, che si manifesta nella dimensione dei Sogni per aiutarci a risvegliarci e tornare alla Fonte dove tutto ha origine, dove tutto è sempre, mai, esistito.
Trinity: può essere stata chiamata Trinity in quanto rappresentazione della Trinità (entro i limiti di Matrix) composta da Morpheus, Neo e sé stessa. Trinity rappresenta la Terza Forza quella dello Spirito Santo, la forza negativa, intesa come polo negativo elettrico, anzi, essa come forza è la forza elettrica. Come l'I.E.M. (Impulsi Elettro Magnetici), essa è l'unica forza che abbiamo per distruggere le macchine, e le macchine siamo noi stessi, in quando siamo meccanici ed addormentati in un sistema di credenze che non rapprensetano la "Realtà" vera, il "The real World" di cui parla Morpheus spesso nel film. Nelle varie scuole iniziatiche Trinity così descritta è conosciuta con i nomi di: Stella Maris, Maria, Ram-IO, Iside, Maya, Tonantzin (presso gli Aztechi), Ketzalkoatl (nei Maya) o Serpente Piumato o principessa Sac-Nictè... ed ancora Divina Madre, Devi Kundalini, Vajravarahi o dakini rossa danzante (nel Tibet), Maria Maddalena Sposa Vestale di Gesù detto il Cristo, come Neo nel film è detto ONE o l'Eletto, L'eletto è il Cristo, è l'uomo realizzato.
Smith e gli altri 2 agenti sono il mondo delle regole ed allo stesso tempo i demoni interiori, in Matrix lo sono tutti e non lo è nessuno, Morpheus dice "per me siete tutti uguali", questo perché la radice è la stessa: l'egoismo. Gli agenti sono tre come tre sono le radici dell’ego, come tre sono i piani dove si manifesta: piano delle emozioni, dei pensieri e della volontà ovvero cattiva volontà. Essi rappresentano la cattiva volontà di Kaifas che, nel dramma del Cristo, pur sapendo chi era Gesù lo vuole mandare alla crocifissione, il desiderio o tentazione e cioè Giuda e la giustificazione della mente che è Pilato.
I tre agenti sono i guardiani della soglia del nostro risveglio, sono gli aspetti astrale e mentale dei nostri difetti, dei nostri aggregati psichici, che ci tengono prigionieri e addormentati nel nostro sistema di credenze, ecco perché hanno tutte le chiavi di accesso, perché essi hanno le chiavi delle nostre stesse catene interiori. Nel momento in cui Neo distrugge Smith libera il suo doppio opposto, dando inizio ad una lotta senza quartiere in sé stesso, ecco perché solo lui può fermarlo, perché Smith è Neo stesso. Nella trilogia avvengono due guerre una in Matrix e una nel mondo vero, quella in Matrix è la guerra interiore di Neo per rivoluzionare sé stesso e diventare un Sole, quello stesso Sole che compare alla fine del film Matrix Revolution, l'altra guerra è quella tra un gruppo di uomini e di donne che cercano la libertà da quel sistema di credenze del mondo in cui tutti noi viviamo, uomini e donne che cercano la libertà dai sistemi economici e di sfruttamento dell'uomo sull'uomo, la libertà dalla tirannia occulta del Grande Fratello (1984 di Orwell), libertà che si ottiene solo, e questo è uno dei messaggi del film, attraverso una battaglia contro se stessi: se ogni uomo distruggesse l'egoismo in sé stesso, egoismo che nel film è rapprensentato da Smith, la guerra tra gli uomini nel "mondo vero" finirebbe "domani". In Matrix, agenti lo sono tutti e non è lo è nessuno perché siamo tutti addormentati nelle stupide credenze che ci rendono ancora dipendenti ed assuefatti al sistema socio-economico in cui siamo immersi, chiunque cerchi di aprirci gli occhi, se non siamo pronti ad ascoltare cosa ha da dirci, finiremmo per aggredirlo, attaccarlo e quant'altro pur di impedirgli di parlare, in quanto per noi sarebbe una minaccia: in un istante potrebbe distruggere ogni nostra effimera certezza.
Zion: Allegorico è anche il nome della città di Zion, che potrebbe riferirsi a Sion, la città di Dio, l'unica città di Matrix in cui gli uomini possono essere liberi, anche se nelle profondità della terra e non nell'alto dei cieli (nel Vecchio Testamento, quando, la città faceva riferimento esplicitamente a Gerusalemme, la terra promessa e non al Paradiso). Zion, invece, è il mondo dei sogni, un Eden fondato sul sostegno reciproco, il rispetto, la musica e la gioia di vivere. Zion è la terra promessa, è un mondo senza regole dove tutto è possibile; Zion è il mondo che tutti ci auspicheremmo, ma che nessuno raggiunge, perché prima lo dovrebbe raggiungere dentro sé stesso, le regole sono prima di tutto nella testa dell'uomo, poi nei suoi fatti, è per questo che il sistema occidentale, basato sullo sfruttamento, è inevitabile e Zion diventa il mondo dei sogni, ma il sogno è più reale che mai quando rivoluzioniamo in noi stessi.
Il numero dell'appartamento di NEO è il 101, e simboleggia sia il codice per computer (scritto in 1 e 0) che il ruolo di "Eletto" (101= One O One = L'Eletto degli Eletti). Un'altra possibile interpretazione e' che il numero 101, in binario, rappresenta la sesta cifra di una serie (0 1 2 3 4 5), l'"Architetto" nel secondo episodio della saga rivela a Neo che distruggeranno Zion per la sesta volta, quindi Neo e' l'eletto per la sesta volta.La stanza dove comincia il film è la numero 303, il riferimento è alla trinità, come la stessa "Trinity".
303 è il numero dell'appartamento nel quale avviene la morte e resurrezione di NEO, 303 evoca la trinità, la Terza Forza, "Trinity" all'inizio del film si trova nella stanza 303 del hotel Heart (che significa "cuore", anche questo non è un caso), perché lei è la forza dell'amore del cuore, è il fuoco sessuale di Devi Kundalini che è il mistero gnostico attraverso il quale l'uomo risvegliato uccide l'ego, Smith, porta l'iniziato, NEO, alla resurrezione e lo accompagna fino alla Fonte di Dio, come si vede in Matrix Revolution, che è la rivoluzione finale. Si tratta del mistero del fuoco, del mistero di Prometeo, di Cate Proserpina, il mistero della fucina di Vulcano, Trinity è il fuoco sessuale che mette le ali all'iniziato. NEO, in Matrix Reloded, quando esce dal palazzo dopo essere tornato alla sorgente per la prima volta, vola spinto da un fuoco potentissimo che tutto scioglie...La Fonte di Dio, nel film, è rapprensentata dalla Sorgente e dall'Architetto di Matrix, che non è altro che il Demiurgo Architetto degli gnostici. Il nome Merovingio deriva dalla prima dinastia reale dei franchi.
Secondo alcuni autori moderni essi erano i diretti discendenti del figlio nato dall'unione di Gesù con Maddalena. 
Choi e DuJour: Gli amici che si presentano alla porta di Neo, all'inizio del film, si chiamano Choi e DuJour. Benché vengano pronunciati all'inglese, queste sono ovviamente due parole francesi: Choix Du Jour, ossia Scelta del Giorno. Il fulcro della storia è in fondo la scelta che Neo deve fare tra Matrix e la Realtà, tra pillola blu e pillola rossa.